A temprana edad, Flint Loco (Lockwood) (Bill Hader) siempre ha querido
inventar algo impresionante, sin embargo, cada uno de sus inventos
fueron desastrosos, como el control remoto de televisión, el
Descalvisiador, el auto volador, las aves rata, y su rociador de zapatos
en aerosol. Creció incomprendido por su padre Tim (James Caan). Su
madre, Fran (Lauren Graham), siempre creyó que él podía tener éxito, sin
embargo ella falleció 10 años antes de la historia, dejando a Flint con
su padre. Flint vive en Isla Bocado (Swallow Falls), un pueblo situado
en una isla debajo de la letra "A" de Atlántico en el Océano Atlántico.
Desde que la fábrica de sardinas Baby Brent cerró, la economía
cayó y dejó Isla Bocado con sardinas como su primera y única fuente de
alimento. Flint, con la ayuda de su mono, Steve (Neil Patrick Harris),
quien habla a través de un traductor del pensamiento, inventa una
máquina que utiliza la radiación de microondas para mutar el agua en
comida. La máquina requiere de mucha electricidad para funcionar, así
que Flint se escapa de la tienda de sardinas de su padre mientras él
está viendo el alcalde Shelbourne Bruce Campbell y "Baby" Brent McHale Andy Samberg
al presentar un nuevo turismo en Isla Bocado, Sardinalandia. Flint va a
la central eléctrica para usar su electricidad para la mutación de la
máquina. La máquina absorbe millones de megavatios de electricidad y
termina disparándose por la ciudad con Flint sustenido de ella al ser
golpeado contra un objeto en la calle la máquina sale disparada hacia la
estratosfera, al mismo tiempo provocando lentamente la destrucción de
Sardinalandia. Flint se escabullo infeliz y deprimido hacia muelle por
su fracaso, en un momento desafortunado conoce a Sam Chispas (Sparks) Anna Faris, una practicante del tiempo para la Red del clima de Noticias de Nueva York
cuya gran expectación fue frustrada por las acciones de Flint. A la
mitad de la conversación y enojo de Flint y Sam, Flint se dio cuenta de
algo que habian nubes púrpura flotando sobre la ciudad dejando caer lo
que Flint quería que cayera, hamburguesas, con la idea de ayudar a
salvar a todo el pueblo.
La historia comienza exactamente donde quedó la primera parte. El genio
inventor Flint Lockwood decide trabajar al lado de sus amigos (Steve,
Sam , Tim , Brent, Manny y Earl), después aparece su ídolo de la
infancia Chester V y lo invita a ser parte de The Live Corp Company,
donde los mejores y más brillantes inventores del mundo desarrollan
tecnologías para el bien de la humanidad en San FranJosé California,. La
mano derecha de Chester – y uno de sus más grandes inventos – es Barb
(una orangután altamente evolucionada con cerebro humano), que también
es sagaz, manipuladora y le gusta pintarse los labios. Después de crear
varios inventos, Flint cree que será un futuro idea-nauta (como Chester
V), pero debido a un mal funcionamiento de uno de sus inventos, Flint es
avergonzado enfrente de Chester. Flint cree que nunca será un gran
inventor hasta que es llamado por Chester para decirle que su FLDSMDFR
(La maquina que convierte el agua en comida) sigue operando y ahora está
creando animales mezclados con comida: “¡zoo-sobras!”. Con el destino
de la humanidad en sus manos, Chester envía a Flint a una misión
peligrosamente deliciosa y le da un "P2 USB" donde le dice que con ese
USB destruirá a todas las zoo-sobras que tratan de aprender a nadar para
atacar monumentos importantes de la Tierra, donde Flint pedirá ayuda a
sus amigos (a pesar de que Chester envió a Flint solo). Usando el barco
pesquero de Tim, Flint y sus amigos se embarcan a Swallow Falls, donde
al llegar se dan cuenta de que su isla a cambiado mucho. Al llegar a la
isla lo primero que encuentran es una fresa grande con ojos, manos y
pies de hoja que menciona "Nwoo", al que Sam lo nombra como "Alfresi"
quien se come el "P2 USB", después de perseguir a Alfresi observan todas
las zoo-sobras que la FLDSMDFR creó. Flint y sus amigos son atacados
más tarde por una "Aramburguesa"(Araña mutada con una Hamburguesa), pero
son salvados por Chester y su equipo de The Live Corp (que se dio
cuenta de que Flint no iba solo y le ordena a Barb alejar a Flint de
Sam. Flint llega hasta su laboratorio para hacer contacto con su
FLDSMDFR, donde Chester lo manipula diciéndole que un "bullying" nunca puede ser amigo de un "nerd"
(refiriéndose a Brent). Al día siguiente continúan su camino por la
jungla de zoo-sobras donde son atacados por un "Tacodrilo Gigante"
(Cocodrilo mutado con un Taco) donde todos consiguen escapar, pero Sam
se da cuenta que el Tacodrilo tiene pequeños hijos tacodrilos, lo que la
hace dudar de la palabra de Chester. En el pantano de jarabe, Sam le
dice a Flint no sería un error eliminar a las zoo-sobras, lo que Chester
pone a elegir a Flint si decide creerle a Chester o a Sam, creyendo más
en Chester, causando el enojo de Sam y los demás. Cuando Sam acaricia
la misma Aramburguesa que los atacó anteriormente, esta se muestra
cariñosa, preguntándose porque los atacó, Manny muestra que The Live
Corp es en realidad The Evil Corp (Live al revés), cuando tratan de
avisarle a Flint, son congelados por los Centinelas de Seguridad. Al
llegar a la FLDSMDFR, Flint se da cuenta que las zoo-sobras son una
familia y comprende que Sam tenía razón, pero Chester aparece y lanza el
"P2 USB" a la máquina y se revela que en realidad es un re-programador y
que la intención de Chester era apoderarse del invento de Flint para
lanzar su barra de nutrición, pero la comida del invento era más
deliciosa que la comida común, luego de eso Chester arroja a Flint al
agua. Las zoo-sobras llevan a Flint con su padre para explicarle el
error que cometió, Alfresi llega para llamar a todas las zoo-sobras para
ayudar mencionando de nuevo "Nwoo" (Nwoo en realidad es Flint cuando el
televisor modificado de su papá aparece y le muestra cuando Flint dice
el nombre de la máquina, pero como la imagen se traba dice "Nwoo"). Con
la ayuda de todos, Flint y Alfresi llegan al laboratorio de Chester,
donde Alfresi libera a las zoo-sobras y Flint se enfrenta a Chester y
salvar a sus amigos. Después de acorralar a Chester, él cree que Barb lo
salvara, pero Barb se revela en contra de él (ya que siempre la llama
mono), cuando Chester trata de escapar, es devorado por la Aramburguesa.
Flint regresa la FLDSMDFR a su lugar para que siga operando y le pide a
sus amigos que vuelvan a trabajar juntos y todos aceptan a Barb. Al
final Flint le pide a su papá que le enseñe a pescar y ahí pesca su
primer pequeño pez, la película finaliza después de que todos se
encuentran en el bote de Tim y en la isla aparece un arcoiris.
